Doktorand*in (m/w/d)
Einblick in Ihre Aufgaben:
- Aufbau, Betrieb und Weiterentwicklung einer kuratierten medizinischen Forschungsdatenbank (Datenmodell, Schema-Versionierung, Zugriffs- und Rollenkonzept)
- Kuration und Qualitätssicherung heterogener klinischer Datenbestände, strukturiert und unstrukturiert: Bereinigung, Deduplizierung, Plausibilitätsprüfung, Annotation, Provenance-Dokumentation
- Harmonisierung und Mapping auf klinische Standards (FHIR, ICD, LOINC, SNOMED CT) zur Interoperabilität mit Partnerstandorten
- datenseitige Fundierung und Weiterentwicklung eines longitudinalen Krankheitszustandsmodells (State Model): Definition und Operationalisierung klinischer Zustände, Übergänge und Zeitachsen
- Entwicklung und Validierung von Prognosemodellen auf Basis dieses Zustandsmodells, in methodischer Kooperation mit dem SFB „Small Data" — Schwerpunkt auf Verfahren für kleine, unvollständige und heterogene Stichproben (Regularisierung, Deep Generative Models, Unsicherheitsquantifizierung)
- systematische Analyse des Zusammenhangs von Datenqualität, Kohortenzusammensetzung und Modellgüte (Bias, Drift, Generalisierbarkeit, Kalibrierung)
- Implementierung und Evaluation föderierter Trainingsverfahren ohne Rohdatentransfer
- Mitwirkung an Datenschutz- und Governance-Konzepten (DSGVO, Data Use Agreements)
- Publikation und Präsentation der Ergebnisse
Ihr Profil:
- Master in Medizininformatik, Informatik, Data Science, Biostatistik, Bioinformatik oder verwandtem Fach
- sehr gute Kenntnisse in SQL und Python; Erfahrung im Datenbankdesign (relational und/oder NoSQL)
- Erfahrung mit ETL-/Datenpipelines, Docker, Git, Versionierung von Daten und Code
- Kenntnisse in statistischer Modellierung und maschinellem Lernen, insbesondere Prognose- und Zeitverlaufsmodelle; Erfahrung mit longitudinalen Daten von Vorteil
- Kenntnisse klinischer Terminologien und Interoperabilitätsstandards von Vorteil
- Sorgfalt, Dokumentationsdisziplin und Verständnis für regulatorische Anforderungen an klinische Daten
- sehr gute Englischkenntnisse
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